Kawasan Cagar Alam Mutis Timau (Mutis Timau) merupakan bagian dari kelompok hutan Mutis Timau yang awalnya ditunjuk dan dikelola oleh Pemerintah Hindia Belanda dengan Surat keputusan Mutis bebergte, zulfbestur nomor: 4/1 tanggal 31 Maret 1928, sebagai hutan tutupan. Setelah kemerdekaan Gubernur Nusa Tenggara Timur mengeluarkan surat keputusan Nomor 1 Tahun 1974 tanggal 10 Januari 1974 yang kemudian ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Menteri Pertanian Nomor: 631/Kpts/Um/10/1974 tanggal 10 Oktober 1974 di bawah pengelolaan Dinas Kehutanan Provinsi NTT.
Kelompok Hutan Mutis Timau ditata batas oleh Brigade VIII Planologi Kehutanan Nusa Tenggara Timur sesuai Berita Acara Tata Batas (BA) tanggal 23 Maret 1978 dengan luasan 153.227,68 hektar. Pada tahun 1983 Menteri Kehutanan Republik Indonesia menunjuk areal kawasan hutan di wilayah DATI I Nusa Tenggara Timur berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 89/Kpts-II/1983 seluas ± 1.667.962 hektar termasuk didalamnya kawasan Hutan Suaka Alam dan Hutan Wisata (HSA-W) Mutis Timau dengan luas 13.392,507 hektar (luas GIS), yang merupakan cikal bakal Cagar Alam Mutis.
Pada tanggal 23 Juli 1996 Gubernur Kepala Daerah Tingkat I NTT menunjuk kembali kawasan hutan di wilayah NTT melalui hasil padu serasi RTRW Propinsi dan Tata Guna Hutan Kesepakatan (TGHK) melalui Surat Keputusan Gubernur Nomor 64Tahun 1996 seluas ± 1.808.981,27 hektar, termasuk di dalamnya CA Mutis Timau seluas 17.211,85 hektar dengan rincian 15.155,19 hektar berada dalam wilayah Kabupaten TTS dan 2.056,76 hektar berada di wilayah Kabupaten TTU.
Hasil Padu Serasi RTRW dan TGHK ditindaklanjuti dengan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Nomor: 423/Kpts-II/1999, tanggal 15 Juni 1999 tentang Penunjukan Kawasan Hutan di Wilayah Provinsi DATI I NTT seluas 1.809.990 hektar termasuk di dalamnya terdapat CA Mutis Timau seluas 12.869,115 hektar (luasan GIS). Keputusan yang paling akhir mengenai CA Mutis Timau adalah Keputusan Menteri Kehutanan yang menunjuk/ menetapkan kembali kawasan hutan di wilayah Provinsi NTT dengan Nomor: SK.3911/MENHUT-VII/KUH/2014 tanggal 14 Mei 2014 tentang Kawasan Hutan dan Konservasi Perairan Provinsi NTT seluas ± 1.784.751 hentar termasuk didalamnya luas Cagar Alam Mutis Timau mengalami perubahan dari 12.869,115 hektar menjadi 12.315,61 hektar yang berada di wilayah Kabupaten Timor Tengah Selatan (TTS) seluas 9.888,78 Ha (80,29 %) dan Kabupaten Timor Tengah Utara (TTU) seluas 2.426,83 Ha (19,71 %). Balai Konservasi Sumber Daya Alam NTT I dan WWf pernah melakukan inisiasi untuk mengusulkan kelompok Hutan Mutis Timau seluas 153.227,68 hektar menjadi Taman Nasional namun saat itu tidak dapat dilanjutkan karena terkendala rekomendasi Bupati Kupang, Bupati yang memberikan rekomendasi saat itu adalah Bupati TTU dan TTS.
Secara administrasi Kawasan Cagar Alam Mutis Timau terletak di 2 (dua) wilayah pemerintahan yakni Kabupaten Timor Tengah Selatan (TTS) seluas 9.888,78 Ha (80,29 %) dan Kabupaten Timor Tengah Utara (TTU) seluas 2.426,83 Ha (19,71 %), Provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Kawasan hutan ini tepatnya berada di Kecamatan Fatumnasi dan Tobu di TTS; Kecamatan Miomaffo Barat dan Mutis TTU. Ada 10 desa yang berada di dalam dan sekitar kawasan ini, yaitu: Desa Kuannoel, Fatumnasi, Nenas dan Nuapin di Kecamatan Fatumnasi; Desa Tutem, Tune dan Bonleu di Kecamatan Tobu; Desa Noepesu dan Fatuneno di Kecamatan Miomaffo Barat; Desa Tasinifu di Kecamatan Mutis.
Secara geografi kawasan CA Mutis Timau terletak antara 124010’ – 124020’ Bujur Timur dan antara 9030’ – 9040’ Lintang Selatan. Secara administrasi kehutanan kawasan CA Mutis Timau berada di bidang KSDA Wilayah I So’e dan Seksi Konservasi Wilayah I Belu.