Berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan Republik Indonesia Nomor: SK.3911/MENHUT-VII/KUH/2014 tanggal 14 Mei 2014 tentang Kawasan Hutan dan Konservasi Perairan Provinsi Nusa Tenggara Timur, TWA Gugus Pulau Teluk Maumere memiliki luas ± 71.956,74 Ha. Secara geografisnya, TWA Gugus Pulau Teluk Maumere terletak pada posisi 8°5'50.57" - 8°38'14.89"LS dan 122°5'10.67" - 122°32'20.25"BT.
Secara administrasi pemerintahan termasuk dalam wilayah Kecamatan Alor, Kecamatan Alor Timur, Kecamatan Kewapante, Kecamatan Waigete dan Kecamatan Talibura di Kabupaten Sikka, Provinsi Nusa Tenggara Timur sedangkan administrasi pengelolaan berada di resort Maumere , Seksi Konservasi Wilayah IV Maumere, Bidang KSDA Wilayah II Ruteng pada Balai Besar KSDA NTT.
Sebagian kawasan TWA Gugus Pulau Teluk Maumere pada mulanya merupakan kawasan hutan lindung Pulau Besar seluas ± 3.000 hektar berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan nomor: 89/Kpts-II/1983 tanggal 2 Desember 1983. Kemudian dengan memperhatikan Surat Gubernur Nusa Tenggara Timur nomor: 478/298-1KLH/86 tanggal 4 Juli1986, kawasan hutan lindung Pulau Besar dirubah fungsinya menjadi taman wisata dan menunjuk Gugus Pulau Teluk Maumere beserta perairan laut sekitarnya sebagai taman wisata laut berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehutanan nomor: 126/Kpts-II/87 tanggal 21 April 1987 tentang perubahan status hutan lindung Pulau Besar menjadi taman wisata dan penunjukan Gugus Pulau Teluk Maumere sebagai taman wisata laut. Adapun pertimbangan perubahan status dan penunjukan kawasan tersebut yaitu bahwa kawasan hutan lindung di Pulau Besar mencakup beberapa tipe vegetasi hutan yaitu hutan mangrove, hutan pantai, savana, dan hutan dataran tinggi yang cukup potensial untuk dikembangkan sebagai taman wisata. Selain itu juga bahwa Gugus Pulau Teluk Maumere dan perairan laut sekitarnya memiliki keindahan alam yang sangat indah, sehingga memungkinkan untuk dikembangkan menjadi taman wisata.
Dalam rangka memantapkan Rencana Tata Ruang Wilayah Provinsi (RTRWP) sebagai acuan dan pedoman tunggal pemanfaatan ruang di daerah, maka dilakukan penetapan hasil paduserasi antara RTRWP dan Tata Guna Hutan Kesepakatan (TGHK). Paduserasi antara RTRWP dan TGHK ditetapkan berdasarkan Keputusan Gubernur Nusa Tenggara Timur Nomor 64 Tahun 1996 tentang Penetapan Hasil Paduserasi Rencana Tata Ruang Wilayah Provinsi dan Tata Guna Hutan Kesepakatan (TGHK). Pada keputusan Gubernur Nusa Tenggara Timur tersebut terdapat lampiran berupa tabel rekapitulasi luas kawasan hutan yang salah satunya di Kabupaten Sikka terdapat kawasan konservasi dengan fungsi Tawan Wisata (TW) yaitu Pulau Besar (4.100 Ha), Pulau Babi (452,58 Ha), dan Pulau Dambila (497,73 Ha) serta dengan fungsi Taman Wisata Alam (TWA) yaitu Gugus Pulau Teluk Maumere seluas 50.000 hektar.
Menindak lanjuti hasil paduserasi kawasan hutan pada RTRWP maka dikeluarkan Keputusan Menteri Kehutanan dan Perkebunan nomor: 423/Kpts-II/1999 tanggal 15 Juni 1999 tentang penunjukan kawasan hutan di Provinsi Nusa Tenggara Timur seluas 1.809.990 hektar, dimana termasuk didalamnya kawasan TWA Gugus Pulau Teluk Maumere. Dalam rangka menjamin kepastian hukum dan status kawasan, maka pada tahun 2014 dan 2016 dikeluarkan keputusan menteri yang didalamnya termasuk kawasan TWA Gugus Pulau Teluk Maumere seluas 71.956,74 hektar yaitu Surat Keputusan Menteri Kehutanan nomor: SK.3911/MENHUT-VII/KUH/2014 tanggal 14 Mei 2014 dan Surat Keputusan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan nomor: SK.357/Menlhk/Setjen/PLA.0/5/2016 tanggal 11 Mei 2016. Salah satu pertimbangan yang menjadi alasan penunjukkan menjadi TWA Gugus PulauTeluk Maumere adalah tipe vegetasi hutan mangrove, hutan pantai, savana, dan hutan dataran tinggi di Pulau Besar yang cukup potensial untuk dikembangkan sebagai taman wisata, serta keadaan alam gugus pulau teluk maumere yang sangat indah sehingga memungkinkan untuk dikembangkan menjadi taman wisata laut
