Berdasarkan hasil inventarisasi ekologi di CA Wae Wuul yang dilakukan oleh BBKSDA NTT pada tahun 2017 diketahui bahwa spesies tumbuhan pada tingkat pohon yang ditemukan hanya sebanyak 9 spesies. Dari jumlah tersebut, spesies yang paling dominan adalah kesambi (Schleicera oleosa) INP 99,68% dan kodominan adalah kukung (Scoutenia ovata) INP 52,61%. Dominasi kesambi (Schleicera oleosa) mungkin disebabkan oleh penyebaran biji kesambi yang lebih luas karena bantuan satwa liar seperti burung dan kera ekor panjang (Macaca fascicularis). Beberapa spesies pohon seperti asam hutan (Tamarindus indica), sita (Alstonia scholaris) dan reket (Ficus trichocarpa) tidak ditemukan pada tingkat tiang, pancang dan anakan. Tidak adanya regenerasi akan menyebabkan spesies tersebut akan mengalami kelangkaan di dalam kawasan CA Wae Wuul.
Pada tingkat tiang hanya ditemukan 4 spesies dan yang paling dominan adalah bidara (Zyziphus rotundifolia) INP 114,95%, kodominan lembur (Cassia fistula). Tingkat dominasi yang berbeda antara tingkat pohon dan pancang menunjukkan bahwa pada masa mendatang struktur pohon yang ada di hutan tropika kering CA Wae Wuul akan berubah. Pohon kesambi (Schleicera oleosa) dan kukung (Scoutenia ovata) yang dominan akan digantikan oleh bidara (Zyziphus rotundifolia) dan lembur (Cassia fistula).
Pada tingkat pancang tumbuhan yang mendominasi adalah kukung (Scoutenia ovata) INP 129,94% dan kodominan puser (Mallotus phillippinensis) INP 90,61%. Dominasi pada tingkat pancang ini berbeda dengan dominasi pada tingkat tiang namun memiliki kemiripan dengan tingkat pohon, yaitu dominasi kukung pada tingkat pancang sama dengan kodominan pada tingkat pohon (Scoutenia ovata). Hal ini menunjukkan bahwa komposisi vegetasi pada generasi ketiga yang akan datang akan mirip dengan komposisi vegetasi saat ini karena adanya kesamaan spesies yang mendominasi. Jumlah spesies yang ditemukan pada tingkat semai/tumbuhan bawah adalah sebanyak 18 spesies. Jumlah spesies tumbuhan bawah tersebut adalah yang ditemukan di dalam hutan tropika kering pada saat pengambilan data menggunakan jalur untuk analisis vegetasi. Cukup banyaknya jumlah spesies tumbuhan bawah dibandingkan dengan jumlah spesies pada tingkat pohon, tiang dan pancang menunjukkan bahwa penutupan tajuk kurang rapat sehingga masih memungkinkan pertumbuhan anakan/tumbuhan bawah dengan baik. Spesies yang mendominasi pada tingkat semai/tumbuhan bawah adalah kukung (Scoutenia ovata) INP 49,904 dan kodominan puser (Mallotus philippinensis) INP 28,11. Dominasi pada tingkat tumbuhan bawah ini memiliki kemiripan dengan dominasi pada tingkat pancang dan tingkat pohon yang membuktikan struktur populasi tidak banyak berubah untuk beberapa generasi. Tidak adanya pemanfaatan spesies tumbuhan di dalam hutan oleh masyarakat sekitar menyebabkan perubahan struktur dan komposisi vegetasi di CA Wae Wuul terjadi secara alami.
Pemanfaatan tumbuhan obat sebanyak 63 spesies terutama diambil dari dalam kebun karena hutan jaraknya relatif lebih jauh dari pemukiman. Untuk mengobati penyakit yang sudah umum diderita seperti malaria, masyarakat menggunakan sambiloto yang tumbuh di sekitar tempat tinggalnya. Pengobatan dengan cara merebus kulit pohon sebesar ibu jari orang yang sakit dengan air sebanyak 3 gelas sampai menjadi 1 gelas.