SM Perhatu terletak di Desa Onansila, Kecamatan Semau, Kabuoaten Kupang. Secara geografis, SM Perhatu terletak pada 10° 14' 53,995" - 10° 17' 48,290" LS dan 123° 24' 3,356" - 123° 25' 0,018" BT, dengan luas 452,84 Ha. Suaka Margasatwa Perhatu merupakan salah satu dari 28 (dua puluh delapan) Kawasan Konservasi yang dikelola oleh BBKSDA NTT. SM Perhatu memiliki vegetasi perwakilan tipe ekosistem hutan mangrove, hutan pantai dan hutan kering dataran rendah.
Flora
Beberapa jenis mangrove seperti Rhizophora sp, dan Bruguiera gymnoriza, ketapang (Terminalia catappa), waru laut (Hibiscus tiliaceus), Baringtonia asiatica, lontar (Borrasus flabelifer), jati (Tectona grandis), emba (Podocarpus imbricatus), kapuk (Sterculia foetida), ampupu (Eucalyptus urophylla )
Fauna
Rusa timor (Cervus timorensis), ayam hutan (Gallus galus), burung camar (Sterna sp), koakiu (Phylemon inornatus), elang (Elanus sp), burung kutilang (Pycnonotus coifea), dan bangau putih (Egretta sacra).
Aksesibilitas
Untuk menuju SM Perhatu, bisa dicapai dengan menggunakan speed boat dari pantai Teluk Kupang atau Pelabuhan Tenau dengan waktu tempuh sekitar 2 jam 30 menit atau dengan kapal motor dengan waktu tempuh sekitar 4 jam tergantung kondisi cuaca.
