Mamalia
Jenis-jenis mamalia yang dapat di jumpai di TWA Bipolo adalah Babi Hutan (Sus sp), Musang (Paradoxirus hermaphroditus), Monyet ekor panjang (Macaca fascicularis).
Reptilia
Jenis-jenis repilia yang dapat di jumpai di TWA Bipolo antara lain Bangkong Kolong (Duttaphyrynus melanosticus), Kodok kintel (Kaloula baleata) dan Katak tegalan (Fejervarya limnocharis), Tokek (Gecko gecko), Biawak Timor (Varanus timorensis), Sanca Timor (Phyton timorensis), Kadal Terbang Timor (Draco timorensis) dan Viper Pohon Hijau (Trimeresurus albolabris).
Aves
Dari hasil kegiatan inventarisasi jenis burung di TWA Bipolo dengan menggunakan metode MacKinnon (metode daftar jenis) yaitu dengan cara mendaftar suatu jenis burung dengan menggunakan daftar jenis, teridentifikasi sebanyak 53 jenis burung. Terdapat jenis-jenis burung yang dilindungi berdasarkan PP Nomor 7 Tahun 1999, antara lain adalah Kuntul Besar, Kuntul Perak, Isap madu Indonesia, Sikep-Madu Asia, Meliphaga Dada-lurik, Myzomela timor, , Isap Madu Timor, Cikukua Timor.