Jenis-janis fauna yang ada cukup beragam, terutama jenis-jenis burung yang berbeda diantaranya termasuk ke dalam daftar binatang yang dilindungi. Jenis Fauna yang luas penyebarannya di kawasan adalah babi hutan. Termasuk dalam daftar binatang yang dilindungi dan terdapat di TWA Ruteng adalah:
- Alap-alap putih (Accipiter novaehollandiae);
- Elang Bondol (Haliastur Indus);
- Elang hitam (Spizatus cirrhatus);
- Elang Tikus (Elanus caeruleus);
- Alap-alap Menara (Falco moluccensis);
- Raja Udang Ekor Panjang (Tansiptera galatea);
- Kokak (Philemon buceraides);
- Sesap Madu (Nectarina jugularis).
Jenis mamalia besar yang terdapat di kawasan termasuk jenis mamalia Asia.Rusa timor tidak lagi ditemukan di dalam kawasan TWA Ruteng. Beberapa jenis mamalia besar yang perlu dicatat adalah:
- Monyet (Macaca fascicularis);
- Landak (Hystrix javanica);
- Babi hutan (Sus scrofa vitatus);
- Musang (Paradoxurus hermaphrodites).
Jenis-jenis yang endemik umumnya didominasi oleh jenis tikus dan kelelawar. Yang termasuk jenis baru bagi ilmu pengetahuan, yaitu tikus komodo (Komodomys) yang sebelumnya hanya ditemukan di Pulau Rinca. Jenis lainnya yang patut dicatat yaitu :
- Tikus raksasa, betu (Papagomys armandvillei);
- Tikus Pocoranaka (Rattus hainaldi);
- Kelelawar Flores (Cynopterus nusatenggara).
Daftar jenis burung-burung di Kabupaten Manggarai telah dibuat oleh beberapa pengamat burung, diantaranya Verheijen, Hartet (1897), Scmutz (1977), White and Bruce (1986). Di samping itu Universitas Cambridge, U.K. juga telah mengadakan pengamatan sistematis yang disponsori oleh Birdlife International pada tahun 1993. Paling sedikit terdapat 65 jenis burung yang tergolong ke dalam 35 suku. Beberapa jenis diantaranya yang menarik adalah :
- Burung Hantu kerdil (Otus alfredi) ;
- Gagak Flores (Corvus florensis);
- Engkiong (Pachycephala nudiluga);
- Belibis (Anas querquedula);
- Pecuk (Phalacrocorax melanoleucos);
- Kokak (Philemon buceroides).
Dari 60 species yang mempunyai daerah sebaran terbatas di Nusa Tenggara Timur 26 species diantaranya terdapat di Flores dan dari 26 species ini sejumlah 12 species telah diamati oleh tim dari Universitas Cambridge. Dari jumlah jenis burung yang tercatat secara keseluruhan untuk Flores, 35 jenis diamati di daerah Poco Ranaka.
Jenis-jenis reptilia yang telah dilaporkan umumnya terdiri dari genus ular dari family Colubridae dan Viperidae yang hanya memiliki satu species. Termasuk jenis ular berbisa yang terdapat di kawasan adalah ular hijau (Trimeresurus sp).ular senduk (Nayanaja) dan ular tanah (Vipera russelli). Jenis reptilia lainnya yaitu dari family Scincidae, Gekkonidae, dan Agamidae. Jenis-jenis amfibia yang telah berhasil ditemukan meliputi 13 jenis dan 10 diantaranya merupakan jenis-jenis baru di pulau Flores. Beberapa jenis yang perlu dicatat adalah: Cocophryne sp, Pedostides sp., Rhacophorus sp, Calluella sp. Jenis ikan di danau Ranamese umumnya didominasi oleh ikan-ikan bukan asli (eksotik) seperti ikan gurame (Oreochromis mossambica, O. nilotica), dan ikan mas (Cyprinus carpio). Jenis-jenis ini merupakan ikan-ikan yang dimakan oleh penduduk, sehingga banyak dipancing sambil berekreasi di danau.