Balai Besar KSDA NTT adalah unit pelaksana teknis yang berada di bawah dan bertanggungjawab kepada Dirjen KSDAE, mempunyai tugas penyelenggaraan konservasi sumber daya alam dan ekosistemnya di CA, SM, TWA dan TB serta koordinasi teknis pengelolaan Tahura dan KEE berdasarkan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Balai Besar KSDA NTT ini termasuk dalam tipe B. Kepala Balai Besar secara administrasi dibantu oleh Kepala Bagian Tata Usaha, dan secara teknis dibantu oleh Kepala Bidang Teknis.
Untuk pengelolaan teknis kawasan konservasi di lapangan Kepala Balai Besar dibantu dua orang Kepala Bidang KSDA Wilayah yaitu Kepala Bidang KSDA Wilayah I di Soe yang membawahi dua orang Kepala Seksi Konservasi Wilayah dan Kepala Bidang KSDA Wilayah II di Ruteng yang membawahi dua orang Kepala Seksi Konservasi Wilayah.
Dalam melaksanakan tugas BBKSDA NTT menyelenggarakan fungsi di wilayah kerjanya sebagai berikut:
1. Inventarisasi potensi, penataan kawasan dan penyusunan rencana pengelolaan CA, SM, TWA dan TB;
2. Pelaksanaan perlindungan dan pengamanan CA, SM, TWA, TB;
3. Pengendalian dampak kerusakan sumber daya alam hayati;
4. Pengendalian kebakaran hutan di CA, SM, TWA dan TB;
5. Pengelolaan jenis tumbuhan dan satwa liar beserta habitatnya serta sumberdaya genetik dan pengetahuan tradisional;
6. Pengembangan dan pemanfaatan jasa lingkungan;
7. Evaluasi kesesuaian fungsi, pemulihan ekosistem dan penutupan kawasan;
8. Penyiapan pembentukan dan operasionalisasi KPHK;
9. Penyediaan data dan informasi, promosi dan pemasaran KSDAE;
10. Pengembangan kerjasama dan kemitraan bidang KSDAE;
11. Pengawasan dan pengendalian peredaran tumbuhan dan satwa liar;
12. Koordinasi teknis penetapan koridor hidupan liar;
13. Koordinasi teknis pengelolaan Tahura dan KEE;
14. Pengembangan bina cinta alam serta penyuluhan KSDAE;
15. Pemberdayaan masyarakat di dalam dan sekitar kawasan konservasi;
16. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga serta kehumasan.
Struktur Organisasi Balai Besar KSDA NTT selengkapnya seperti pada Gambar 1.
Gambar 1 : Struktur Organisasi Balai Besar KSDA NTT Sesuai Peraturan Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan Nomor : 15 TAHUN 2021 tanggal 01 Juli 2021 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan.