Wilayah kerja Balai Besar KSDA NTT meliputi 22 Kabupaten/Kota di seluruh propinsi NTT. Terdapat beberapa wilayah kabupaten yang tidak memiliki kawasan konservasi, namun tetap merupakan wilayah kerja Balai Besar. Pada wilayah kabupaten yang tidak memiliki kawasan konservasi, tugas utama ditujukan pada peredaran tumbuhan dan satwa liar yang berada di wilayah itu. Wilayah kerja Balai Besar KSDA NTT selengkapnya sebagaimana tabel berikut.

Kawasan Konservasi yang dikelola sebanyak 28 kawasan konservasi dengan luas seluruhnya 234.517,24 ha, dimana luas tersebut masih dinamis mengingat progress pengukuhan kawasan yang masih belum tuntas. Kawasan konservasi tersebut berada pada 12 Kabupaten/Kota dari 22 Kabupaten/Kota yang ada di Propinsi NTT. Daftar kawasan konservasi lingkup Balai Besar KSDA NTT sebagaimana tabel berikut.